Чистая микробиология - это отрасль, занимающаяся применением микроорганизмов в области науки для производства полезных для человека продуктов, таких как лекарства, антибиотики, вакцины, ферменты, биотехнологические продукты. Микроорганизмы обладают мембраносвязанными клеточными органеллами и включают грибы и протисты, тогда как прокариотические организмы, все из которых являются микроорганизмами, традиционно классифицируются как лишенные мембраносвязанных органелл и включают эубактерии и архебактерии. Микробиологи традиционно полагались на культуру, окрашивание и микроскопию.