Теоретическая гилогенетика занимается проблемой реконструкции прошлой истории эволюции существующих организмов на основе современных молекулярных данных, таких как ДНК. Существует постоянный интерес к дальнейшему развитию математики, лежащей в основе вычислительных филогенетических методов.
Журналы, связанные с теоретической филогенетикой, Журнал филогенетики и эволюционной биологии, Журнал протеомики и биоинформатики, Молекулярная систематика и филогенетика, Современные достижения в молекулярной филогенетике, Эволюционная биоинформатика, Журнал эволюционных уравнений, Систематика и филогения членистоногих, Журнал экспериментальной зоологии, Часть B: Молекулярная и эволюция развития