Четыре основных класса лекарств, которые в настоящее время используются для лечения малярии, включают родственные хинолину соединения, антифолаты, производные артемизинина и противомикробные препараты. Пока не обнаружено и не произведено ни одного лекарства, которое могло бы уничтожить все формы жизненного цикла паразита. Поэтому для синергической борьбы с малярийной инфекцией часто одновременно назначаются один или несколько классов лекарств.
Схемы лечения зависят от географического местоположения заражения, вероятного вида Plasmodium и тяжести течения заболевания.