Рецидив малярии имеет особое значение в отношении малярии и относится к реактивации инфекции через гипнозоитов. Рецидив — это когда симптомы вновь появляются после удаления паразитов из крови, но сохраняются в виде спящих гипнозоитов в клетках печени.
Рецидив малярии обычно происходит через 8–24 недели и обычно наблюдается при инфекциях P. vivax и P. ovale. Случаи малярии vivax в районах с умеренным климатом часто сопровождаются зимовкой гипнозоитов, причем рецидивы начинаются через год после укуса комара.