Вся патология малярии обусловлена размножением паразитов в эритроцитах. Первичный приступ малярии начинается с головной боли, лихорадки, анорексии, недомогания и миалгии. За этим следуют приступы озноба, лихорадки и обильного потоотделения. Могут возникнуть тошнота, рвота и диарея. Подобные симптомы не являются чем-то необычным для инфекционного заболевания, и именно по этой причине малярию часто называют «Великим имитатором».
В зависимости от вида пароксизмы имеют характерную периодичность. У P. vivax, P. ovale и P. falciparum периодичность составляет 48 часов, а у P.malariae - 72 часа.